Lue uutinen mobiilisivustolla

Tietokoneesi voi auttaa syöpätutkimusta

Kuva: Jussi Nukari / Lehtikuva

26.3.2009 10:37 IBM värvää osallistumaan maailmanlaajuiseen hilaverkkoon, jossa tietokoneiden joutoaikaa käytetään laskentatehtäviin. Hankkeen tarkoituksena on kehittää hoitokeino lapsia tappavaan syöpään.

IBM, Chiba Cancer Center -tutkimuslaitos ja Chiban yliopisto käynnistävät yhteisen tutkimusohjelman uuden lääkehoidon löytämiseksi pienten lasten yleisimpään kuolemaan johtavaan Neuroblastooma-syöpään.

Tutkimustyöhön valjastetaan IBM:n World Community Grid -hilaverkko, joka koostuu tavallisten ihmisten tietokoneista. Niihin asennetaan sovellus, joka ryhtyy pureksimaan annettuja tehtäviä silloin, kun kone nököttää joutilaana.

Huono
ennuste

Neuroblastooma, pahanlaatuinen varhaishermosolukasvain, on yleisin pienillä lapsilla tavattava syöpä, IBM taustoittaa. Syövän syntyperää ei vielä toistaiseksi tunneta, ja selviytymisennuste on synkkä, sillä vain alle 40 prosenttia syöpäpotilaista selviää hengissä.

Help Fight Childhood Cancer -projekti hyödyntää hilaverkon tarjoamaa vapaana olevaa tietojenkäsittelykapasiteettia oikean lääkeaineen löytämiseksi.

Tutkijat uskovat kasvaimen kehitystä ohjaavan kolme proteiinia, joihin testataan kolmea miljoonaa käyttötarkoitukseen mahdollisesti soveltuvaa lääkeainetta. Laskentaverkon ansiosta soveltuvan lääkeaineen arvioidaan löytyvän kahdessa vuodessa, jonka jälkeen voidaan aloittaa laboratoriokokeet. Chiba Cancer Centerin omilla resursseilla työhön kuluisi sata vuotta.

11 000
vuotta

World Community Grid käsittelee monia muitakin hankkeita, kuten viime keväänä uutisoitu projekti paremman riisin löytämiseksi. Tässä hankkeessa on tähän mennessä saavutettu 11 000 vuoden yhteenlaskettu laskenta-aika, IBM kertoo.

Tuomas Linnake
tuomas.linnake@digitoday.fi

Teksti on lisensoitu Creative Commons Nimeä-Ei muutoksia-Epäkaupallinen -lisenssillä.

Kirjoita kommentti

Kommentit (11)

0

0

Näitähän on ollut jo SETIstä lähtien olemassa eri tarkoituksiin. Ikinä vain ei ole uutisoitu että niistä olisi ollut mitään konkreettista hyötyä.

Jari

Lainaa Ilmoita asiaton viesti

# 26.3.2009 10:54

20

8

Folding@home projektin tiimoilta on ainakin tehty kasapäin julkaisuja (ainoita projekteja, joista vastaavaa tietoa on saatavilla). Eli ne ovat ainakin vieneet tiedettä eteenpäin.

Biolääketieteessä matka perustutkimuslöydöksestä lääkkeeksi voi olla aika pitkä. Laskennallisesti saatuja tuloksia pitää esim. testata ensin "märkälabrassa" vaikka syöpäsolulinjoilla. Tässä tutkittaisiin, että tappaako yhdiste neuroblastooma solulinjojen soluja ja kuinka selektiivinen vaikutus on. Eli tappaako se myös esimerkiksi normaalejakin soluja, mikä voisi viitata mittaviin sivuvaikutuksiin. Sitten voisi ehkä parhaassa tapauksessa edetä eläinkokeisiin. Ensin immuuni-vajavaisiin hiiriin istutetuilla ihmisen xenocraft kasvaimilla. Todennäköistä on, että jos molekyyli osoittautuu lupaavaksi niin sen rakennetta optimoidaan, jotta se toimisi vielä tehokkaammin. Yhdistettä ja sen vaikutusmekanismia pitänee myös tutkia sekä "in vitro" solulinjamalleissa, että "in vivo" eläinkoemalleilla. Jossain vaiheessa, jos kaikki menee hyvin, voidaan sitten edetä potilastutkimuksiin asti.

Eli laskennallisilla "in silio" menetelmillä saadut tulokset voivat olla korvaamattomia, mutta koska emme voi mallintaa ihmisen toimintaa kuin erittäin puutteellisella tasolla, pitää löydökset varmentaa laboratoriossa. Se taas vie aikaa. Vielä enemmän aikaa vie itse lääkkeen kehittäminen, ellei yhdistettä sitten ole jostain syystä jo aiemmin testattu kliinisesti.

Pekka Kohonen

Lainaa Ilmoita asiaton viesti

# 26.3.2009 11:41

16

8

Hieno ja tuttu juttuhan tuo on, vaikka ainoat, jotka asiasta alkavat varmasti taas piipittämään, kuten monena kertana aiemminkin, ovat kaikki puuta halaavat, poliittisesti heränneet huonohampaiset ituhipit, jotka itkevät mahlaa koivunhalon kanssa, kun sähkönkulutus (taas) kasvaa.

Se, mitä ei ituhippi vain osaa sisäistää, on se, että jotkut sentään yrittävät kehittää tekniikkaa ja tiedettä, josta ituhippikin saattaa tietämättään riemuita...

allekirjoittanut

Lainaa Ilmoita asiaton viesti

# 26.3.2009 12:51

9

11

Näin vihreänsähkön aikana tekee mieli kysyä, että minkähän verran tässä palaa energiaa? Nythän käyttiksen valmistajat ja raudan tekijät ovat mukana kehittämässä vihreitä arvoja. Mutta gridi laskeminen taustalla 100 %:n teholla mielestäni romuttaa tämän ajatuksen täysin.

Eikä ajatukseni ole sanoa, että lapsia ei saa pelastaa, mutta onko tämä hyötysuhteeltaan se paras vaihtoehto?

Tänään uutta antibioottia, huomenna vihreänä

Lainaa Ilmoita asiaton viesti

# 26.3.2009 12:52

14

9

No eipä siinä mennyt kuin minuutti, niin ituhippi tuli ja avautui. Voi voi.

Läheskään kaikissa koneissa ei ole suorittima, jotka optimoivat sähkönkäyttöä, ts. käyttävät idlenä saman sähkön kuin 100% käytössä.

Jos mielestäsi on parempi tapa suorittaa laskentaa, kuin sadat tuhannet koneet jotka tekevät jokusen biljoonaa laskutoimitusta sekunnissa, niin mikähän voisi sitten olla se parempi vaihtoehto ? Laitetaanko helmitaulut ja pari miljoona afrikkalaista riisipalkalla laskemaan niin löytyy hyötysuhdetta, mitä ?

Ei hyvää päivää taas herra ituhippi. Laitappa vähän esimerkkiä näistä paremmista hyötsuhteista mukaan kun kommentoit.

Hippi

Lainaa Ilmoita asiaton viesti

# 26.3.2009 13:15

11

11

No on se nyt ihan turhaa pitää niitä kotikoneita päällä pelkästään laskentaa varten. Jos ajattelee vaikka, että laskentaa tekisi 4xQC blade-kortti, joita menee 7U -kehikkoon 14kpl. Tuommoinen kehikko vastaisi n. 224 kotikonetta. Tehoa vie sen 2kW, eli tehoa per ydin menee n. 9W. Kuinkahan paljon vie tehoa kotikone, jonka yksi ydin, parhaassakin tapauksessa tuplaydin jauhaa samaa laskentaa? Päälle vielä täysin turhaa verkko-overheadia, kun dataa pitää liikutella ympäri maailmaa.

Herätkää nyt tähän päivään, näkeehän sen nyt otsalohkollaankin, ettei numeronmurskausta tehdä tehokkaasti millän kotikone-gridillä. Vaikka mistä sitä tietäisikään, kun ei ole sitä ikinä itse konkreettisesti koittanut. Mutta ideaa pitää puolustaa, kun se on olevinaan jotenkin fiksu.

Mikko

Lainaa Ilmoita asiaton viesti

# 26.3.2009 14:11

9

8

No voe mahoton!

Missäs täällä sanotaan, että tuota varten pitäisi varta vasten jättää kone päälle? Maailmassa lienee muutamia kymmeniä miljoonia koneita, jotka ovat päällä, mutta prosessoritehosta 90% on jouten esim. teksinkäsittelyä käytettäessä.

Ehkäpä niillä sitten?

Viisastelija

Lainaa Ilmoita asiaton viesti

# 26.3.2009 14:19

10

6

No on se nyt ihan turhaa pitää niitä kotikoneita päällä pelkästään laskentaa varten. Jos ajattelee vaikka, että laskentaa tekisi 4xQC blade-kortti, joita menee 7U -kehikkoon 14kpl. Tuommoinen kehikko vastaisi n. 224 kotikonetta.

BOINC:sta voi tarkastella kuinka paljon koneita on projekteja "laskemassa". Kirjoitushetkellä on BOINC:ssa ollut aktiivisena (ottanut yhteyttä viimeisen 24 tunnin aikana) reilut 550.000 tietokonetta. Siinä saa olla aikamoinen farmi koneita, jotta vapaaehtoiset käyttäjät saisi korvattua.

Kun ajattelee, että käyttäjät lahjoittavat prosessoriaikaa valitsemalleen projektille, jolloin pienemmätkin projektit voivat saada käyttöönsä sellaisia laskentatehoja joita projektin budjetti mahdollistaisi muuten.

http://boinc.berkeley.edu/

http://fi.wikipedia.org/wiki/BOINC

Hajautettu laskenta...

Lainaa Ilmoita asiaton viesti

# 26.3.2009 14:43

7

7

ainakin ku viimeksi tollasia "hyödyllisiä" ohjelmia käytti niin prosessori oli kokoajan 100% käytössä ja kannettavan tuuletin pyöri ku turbiini. siinä vihersähköstä tulee mustaa...

jimppa

Lainaa Ilmoita asiaton viesti

# 26.3.2009 15:52

9

7

Löytyyköhän clienttiä iPhonelle?

kaksi ynnä viisi

Lainaa Ilmoita asiaton viesti

# 26.3.2009 16:23

Sivut: 1 2 Edellinen Seuraava

Kirjoita vastaus

Ohjeet: Pysy aiheessa ja kirjoita napakasti. Muista, että haastateltavilla, kanssakeskustelijoilla ja toimittajilla on oikeus omaan, eriävään mielipiteeseen. Ole kohtelias ja ystävällinen, äläkä tarkoituksella provosoi tai hauku muita keskustelijoita. Taloussanomat varaa oikeuden poistaa asiattomat viestit. Varauduthan siihen, että linkkejä sisältävät viestit tarkistetaan yksitellen roskapostin suodattamiseksi. Arvostamme mielipidettäsi!
Lue koko keskusteluetiketti

Bottivarmistus: mitä on kaksi ynnä viisi?

Viesti Nimi

Uutiset

Krp: Hyvinkään ampujan uhrit näyttävät valikoituneen sattumanvaraisesti

• Hyrian rehtori: Uhrit olivat luokkansa priimuksia
• Paatero: Poliisi toimi oikein ampumispaikalla
• Tahkon pelaaja kuoli, kaksi muuta loukkaantui Hyvinkään ammuskelussa
• Hyvinkään ammuskelussa haavoittunut poliisi yhä kriittisessä tilassa