Kahden mantereen suurteholaskennat iskevät aidsia vastaan
Kuva: Sari Gustafsson/Lehtikuva
21.12.2007 15:13 Eurooppalainen suurteholaskennan infrastruktuuri DEISA ja GridAustralia ovat yhdistäneet infrastruktuurinsa ja testaavat yhteistyössä lääkeaineita ihmisen immuunikatoviruksen (HIV) mutaatioita vastaan.
Simulaatiot on hajautettu kummallekin mantereelle. CSC on yksi yhdestätoista eurooppalaisesta supertietokonekeskuksesta, jotka tarjoavat resursseja DEISA-infrastruktuurille.
Aidsiin on sairastunut yli 40 miljoonaa ihmistä maailmassa. Lääkeaineilla pystytään sitomaan kriittisiä virusentsyymejä ja laskemaan potilaan hiv-virusmäärää. Aidsia aiheuttava immuunikatovirus kykenee muuntumaan uuteen muotoon hyvin lyhyessä ajassa.
Syntynyt mutaatio on vastustuskykyinen hoidossa aiemmin käytetylle lääkitykselle. Oikea uusi vasta-aine on löydettävä nopeasti, jotta virus ei pysty kehittämään vastustuskykyä myös muihin lääkeaineisiin.
Michael Kuiper VPAC-tutkimuslaitoksesta kertoo, että simulaatiot on suunniteltu laskemaan lääkemolekyylin sitoutumisvuorovaikutusenergiat hiv-proteaasin aktiivisessa sitoutumiskohdassa. Kehitystyö on edelleen käynnissä ja tekniikan avulla pyritään määrittämään tarkat arviot antiviruslääkeaineiden tehokkuudesta erilaisia HIV-mutaatiokantoja vastaan.
Lääkeaineiden sitoutumisvuorovaikutuksia selvitettäessä lääkeaineen ja hiv-mutaatioentsyymin vuorovaikutuksesta tehdään molekyylidynaaminen simulaatio, jossa kartoitetaan lääkeaineen ja hiv-proteaasikannan vuorovaikutuksen keskimääräinen energia. Tarvitut suuret määrät laskutoimituksia sopivat hyvin hajautettuun laskentaan.
Ratkaisun löytämiseen kuluvaa aikaa voidaan merkittävästi lyhentää käyttämällä samaan aikaan useita supertietokoneita suurteholaskenta-gridissä. Laskemisessa on mahdollista hyödyntää useita erilaisia gridejä, jos riittävä yhteistoimintataso on saavutettu.
DEISA ja GridAustralia -infrastruktuurien väliohjelmistot eivät sovi nykyisissä versioissaan yhteen. DEISAlla on käytössä väliohjelmisto UNICORE 5 ja GridAustralialla Globus Tool Kit, mutta kumpikin infrastruktuuri hoitaa datasiirron GridFTP:n kautta, joka toimii kummassakin ohjelmistossa. Infrastruktuurien yhteistyön toimivuus todennettiin ensimmäistä kertaa SuperComputing 07 konferenssin (Reno, USA) yhteydessä tehdyissä mallitesteissä marraskuussa 2007.
Australian Research Group tarjosi syöttötiedot lääkesimulaatioita varten GridAustralian tallennuspalvelimelle. Työsarjat lähetettiin suoritettavaksi DEISAn ja GridAustralian järjestelmiin käyttöliittymän kautta (DEISAlla DESHL ja GridAustralialla Globus WS-Gram). Syöttötiedot siirtyvät automaattisesti GridFTP:n avulla työstä vastaavaan DEISAn tai GridAustralian suorituspaikkaan Euroopassa tai Australiassa.
Useissa simulaatioissa testataan Amprenavir-lääkeaineen vaikutuksia HIV-kantoihin. Liikeratadata on jälkikäsitelty mittaamaan energiavuorovaikutusta lääkeaineen sekä HIV-kantojen välillä. Simulaation tallennustulokset siirtyvät automaattisesti GridAustralian tallennuspalvelimelle. Tämä oli ensimmäinen kerta, kun australialaiset ja eurooppalaiset tekevät alalla yhteistyötä.
Kalevi Nikulainen toimitus@digitoday.fi
Teksti on lisensoitu Creative Commons Nimeä-Ei muutoksia-Epäkaupallinen -lisenssillä.
- Digitodayn tuoreimmat uutiset.
- 10.2. Facebook-kaverin poisto johti kaksoismurhaan
- 10.2. Googlen lompakko hakkeroitiin helposti
- 10.2. Google pystyttää kilpailijaa Dropboxille
- 10.2. Alcatel-Lucent lopettaa työpaikkoja
- 10.2. Pirate Bay uhmaa muistitikulla estoja
- 10.2. Comptel puolittaa osingon
- 10.2. Kodak keskittyy kuvien tulostamiseen
- 10.2. Yle: Piraattiradio häiriköi Turun seudulla
- 10.2. Windows XP:lle harvinaisen vähän korjauksia
- 10.2. Itsemurhatehtaan johtajalta vohkittiin salasana
- 10.2. Googlen ensimmäinen työntekijä lähtee
- 10.2. Microsoft keskeytti yllättäen Lumia 900:n varaukset
- 10.2. FBI: Steve Jobsilla oli top-secret -luokitus
- 9.2. Uusi iPad tulee maaliskuun alussa?
- 9.2. Siri opiskelee kiinaa ja venäjää
- 9.2. Peliskene poimi presidentin palkinnon
- 9.2. Google: Näytä surfailusi, saat rahaa
- 9.2. Skimmaajat teettivät erikoislaitteita Suomen oloihin
- 9.2. Samsungilta ei julkistuksia Barcelonassa
- 9.2. Ciscon tulos parani reippaasti
- Uusimmat
- 48h luetuimmat kaikista uutisista.
- 10.2. FBI: Steve Jobsilla oli top-secret -luokitus
- 8.2. Nokia-pomo: Puhelimet ovat Designed in Finland
- 8.2. Nokian Salon tehdasta on ajettu alas pitkään
- 10.2. Microsoft keskeytti yllättäen Lumia 900:n varaukset
- 8.2. Kaksi minuuttia Iron Skyta – Elokuva "täynnä vastoinkäymisiä"
- 9.2. Sadan tonnin sakot kuluttajien harhauttamisesta
- 8.2. Nokia julkistaa huippupuhelimen Barcelonassa
- 8.2. Applen televisio voi saada liikeohjauksen
- 8.2. Yllätys: Nokia on ylivoimainen web-johtaja
- 9.2. Yllättävä ongelma: iPhone 4S ei toimi kiinalaisten sim-kortilla
- Luetuimmat
- 48h suositelluimmat kaikista uutisista.
- 8.2. IPadille haetaan porttikieltoa Kiinaan
- 8.2. Kiinassa tarjolla miljardien eurojen verkkourakat
- 8.2. Nokian potkut uhkaavat tuhatta Salon tehtaalla
- 9.2. Microsoft tarjoaa Lumia 800 -kimppua ystävänpäivänä
- 9.2. Windows 8:n testiversio ilmestyy karkauspäivänä
- 9.2. Apple myy vihdoin iPhone 4S:ää Kiinassa
- Suositelluimmat
- 48h kommentoiduimmat kaikista uutisista.
- 8.2. Nokia-pomo: Puhelimet ovat Designed in Finland
- 9.2. Yllättävä ongelma: iPhone 4S ei toimi kiinalaisten sim-kortilla
- 10.2. FBI: Steve Jobsilla oli top-secret -luokitus
- 10.2. Microsoft keskeytti yllättäen Lumia 900:n varaukset
- 8.2. Nokian Salon tehdasta on ajettu alas pitkään
- 8.2. Applen televisio voi saada liikeohjauksen
- 9.2. Microsoft tarjoaa Lumia 800 -kimppua ystävänpäivänä
- 8.2. Nokia julkistaa huippupuhelimen Barcelonassa
- 8.2. Yllätys: Nokia on ylivoimainen web-johtaja
- 9.2. Uusi iPad tulee maaliskuun alussa?
- Kommentoiduimmat
Uutispäivä
Vuorokauden kaikki uutiset yhdellä sivulla.
Palautetta?
Lähetä risut, ruusut ja uutisvinkit toimitukselle.
Uusimmat uutiset
- Googlen Terminator-lasit täydentävät todellisuutta 15:13
- Google taklaa mahdottomia ongelmia 01:28
- It-tähdet loistavat Super Bowl -mainoksissa 07:00
- Nasa ei löytänyt natseja kuusta 14:03
- Sekundasirut tuhosivat Venäjän Phobos-luotaimen 09:39
- Nokian Ahtisaarta verrataan Applen pääsuunnittelijaan 15:02
- Painettu lämpömittari todistaa kylmäketjun toiminnan 10:50
- Digitaalisuus valtasi Finnkinon salit 22:10
- Lisää
Digiyesterday
Viisi vuotta sitten
Krakkerit töhersivät ydinturvajärjestön nettisivut
11.02.2007 Krakkerit ujuttivat keskiviikkona Kanadan ydinturvakomission web-sivujen etusivulle kuvan ydinräjähdyksestä. Komissiossa ei tiedetä, milloin palvelimelle murtauduttiin ja miten kauan krakkerit siellä viihtyivät.
Kolme vuotta sitten
Kodintekniikan myynti väheni 4 prosenttia viime vuonna
11.02.2009 Kotekin juuri julkaiseman tilaston mukaan viime vuoden myynti oli hieman yli 2,06 miljardia euroa. Kappalemääräinen myynti oli vuoden 2007 tasolla, mutta keskihintojen laskun myötä myynnin arvossa oli laskua 4 prosenttia.
Taloussanomat
- Kilpailuta asuntolaina, voit säästää 3 300 euroa 06:01
- Osuusliike myy samppanjaa alle Alkon hintojen 06:06
- HS: SAK ei enää torju eläkeiän nostoa 10:13
- Professori Ylelle: Valtiollisten lentoyhtiöiden aika on ohi 10:31
- Skoda somisti Roomsterinsa partiopoikatyylillä 06:10
- TS: "Luonnonkalojen lääkejäämien riskit selvitettävä" 11:13
- Koulutettu, ole iloinen huonosta palkastasi 06:01
- SK: Nokia ulkoisti lokakuussa – Accenture jakaa jo eropaketteja 20:59
- Suoraan Wall Streetiltä: "Olen nyt alfauros" 20:24
- Kreikan sopu järkkyi jo: Puoluepomo aikoo äänestää ei 16:22
- » Taloussanomat.fi
Kommentit (2)